2016 年是“十三五”开局之年，是全面深化水利改革承上启下的重要一年。为深入贯彻落实中央全面深化改革有关工作部署，加大水利重点领域和关键环节改革攻坚力度，根据《中央全面深化改革领导小组2016年工作要点》和《水利部关于深化水利改革的指导意见》，水利部制定印发了《水利部深化水利改革领导小组 2016年工作要点》（水规计[2016]87号），共包括10个方面改革举措。
一是加快水行政管理职能转变。制定出台水利部简化整合投资项目涉水行政审批实施办法，推进投资项目涉水行政审批事项分类合并实施；建设水利部行政审批监管平台，与企业投资项目审批监管平台等实现对接；提出水利部公共服务事项目录；开展水行政管理领域“双随机”抽查试点。
二是推进水资源管理体制改革。完成2015年度最严格水资源管理制度考核工作；实施水资源消耗总量和强度双控行动，出台水效领跑者引领行动实施方案和合同节水管理实施意见；出台关于加快推进规划水资源论证工作的意见，推动建立国家水资源督察制度；发布实施一批用水定额国家标准，制定用水效率标识管理办法；制定第二批国家鼓励的工业节水工艺、技术和装备目录，编制完成节水型社会建设“十三五”规划；出台水功能区监督管理办法和关于进一步加强入河排污口监督管理的意见；出台水利部关于加强流域综合管理的指导意见。
三是建立健全水权制度和水价机制。制定水流产权确权试点方案；加快推进水权制度建设，研究出台水权交易暂行办法；基本完成53条跨省主要河流水量分配方案制订工作；出台关于加强水资源用途管制工作的指导意见；出台《关于推进农业水价综合改革的意见》。
四是加强水生态文明制度建设。进一步推进水生态文明建设，加快编制出台全国水生态文明建设工作指南、水生态文明城市建设评价导则和江河湖库水系连通技术指南，做好水生态文明城市建设试点和创建工作；开展科学确定河流生态流量试点；配合制定耕地、草原、河湖修养生息规划；配合开展自然资源资产负债表编制试点工作，研究制定水资源资产账户存量及变动表编制技术要求。
五是建立严格的河湖管理与保护制度。实行河湖水域岸线、河道采砂等河湖保护分区管理，开展中央直管河湖管理范围划界工作；研究制定河湖管理督查意见，开展河湖管理督查；积极推进河湖管护体制机制创新试点，出台“河长制”指导意见。
六是完善水利投入稳定增长机制。进一步加大各级政府对水利的投入力度，优化投资结构；落实金融支持水利建设政策，联合农发行出台关于用好抵押补充贷款资金支持水利建设的文件，协调有关金融机构增加水利贷款投放；深入开展鼓励和引导社会资本参与重大水利工程建设运营第一批试点，制定政府和社会资本合作建设重大水利工程操作指南。
七是深化水利工程建设和管理体制改革。出台关于促进水利建设市场公平竞争维护水利建设市场秩序的实施意见，建立公开开放透明的水利建设市场规则，着力清除市场壁垒、地方保护和不正当竞争；出台推进水利工程建设项目电子招标投标工作的指导意见，建立部级评标专家库，制定评标专家库管理办法；继续推进水利工程管理体制改革，指导各地全面推进小型水利工程管理体制改革；出台关于建立水利安全生产责任、隐患排查治理和事故处置督导三项制度的意见及水利生产安全事故隐患判别标准；分别出台节水供水重大水利工程建设质量监督巡查工作制度和安全巡查工作制度。
八是创新农村水利发展机制。研究制定深化农田水利改革的指导意见；深入推进农田水利设施产权制度改革和创新运行管护机制试点；对在贫困地区开发水电占用集体土地的，试行给原住居民集体股权方式进行补偿，探索对贫困人口实行资产收益扶持机制。
九是健全基层水利管理体制机制。进一步加强基层水利服务体系建设；鼓励农民用水合作组织规范发展；继续加大对建立健全基层水利服务机构及基层防汛抗旱、灌溉排水、农村供水、水土保持、水资源管理等专业化服务组织的指导和支持力度。
十是强化水利法治建设和科技创新。配合做好国务院审议《农田水利条例》的准备工作和《大中型水利水电工程建设征地补偿和移民安置条例》修订工作，大力推进《节约用水条例》立法进程，加快推进地下水管理、河湖管理与保护等方面的前期立法工作；研究提出进一步加强水利科技创新的指导意见。
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