黔东南苗族侗族自治州交通运输局是主管全州交通运输工作的政府组成部门。其主要任务是实施省、州重点和大中型交通运输基础设施建设；负责全州交通运输基础设施建设和维护的行业管理；监督管理全州道路、水路运输市场；负责、指导、监督全州路政、运政、地方海事、内河航政等行政执法工作；承担全州交通运输行业安全生产的监督管理责任等工作。