1982年3月,深圳经济特区从各大设计院调入了近百名工程师,组建了深圳市建筑设计院。1985年10月,在原深圳市建筑设计院四室、五室和部分三室的基础上,组建了"深圳市建筑设计二院",是具有独立资质的国家甲级设计单位,这就是本院的前身。1992年5月,深圳市建筑设计总院成立,本院更名为"深圳市建筑设计总院第二设计院",仍是独立资质的国家甲级设计院。1999年8月,总院将下属三个院的资质合并为"深圳市建筑设计研究总院",本院作为总院属下的独立核算单位。
本院主要从事民用与工业建筑设计。现有在职人员500人左右,有一级注册建筑师 35 名,一级注册结构工程师 25名,注册设备师10名。建院以来,完成了大量的设计项目,业绩遍及各地七十多个城市,获部、省、市级优秀设计奖及国家发明专利数项。1997 年,本院通过 ISO9001:1994 质量体系认证,是首批通过认证的设计单位之一。