陕西水环境工程勘测设计研究院历史较为悠久，前身是1960年成立的黄河水利委员会西北黄河工程局技术科，1962年归属于陕西省三门峡库区管理局。1979年，成立陕西省三门峡库区管理局规划设计队；1986年，更名为陕西省三门峡库区勘测设计队；1997年3月更名为陕西省三门峡库区勘测设计院；1998年与三管局水文局淤积测验队进行资产人员重组，2001年8月从渭南搬迁到西安；2002年10月，更名为陕西水环境工程勘测设计研究院。
    陕西水环境工程勘测设计研究院原是国家事业单位，自1999年起实现自收自支的企业化管理模式，是主要从事水利工程勘测设计的技术服务型企业。经济性质为“集体所有制”。
    水环境设计院隶属于陕西省江河水库管理局。院设有行政部、市场部、总工办、财务部、设计一室、设计二室、设计三室、测量队、岩土与地理信息室9个部门，另专门设有陕西省防汛抢险救生船队。
    2002年成立了长安大学国土资源学院研究生培养基地，2007年成立西安理工大学水利工程硕士研究生培养基地。2007年4月，以设计院为基础，组建成立了“黄河勘测规划设计有限公司西安分公司”，与设计院共同运营。同时下设江河咨询有限公司、迪飞科技公司和美达服务中心。
    设计院打造以创新型、精细化、团队型、服务型、执行力为主要内容的企业文化，树立“精心设计、精细管理、精诚服务”的全员服务理念，弘扬“严格、认真、主动、高效”的敬业精神，更好营建设计院和谐、进取、平等、稳定的工作环境。

    今后，设计院将弘扬“融合科技、理性运筹、唯质以求、厚德载物”的企业精神，围绕“构筑资源新生态，缔造和谐水环境”的企业核心价值观，以全情投入、努力执业、团队协作、快捷反应的经营作风，坚持以人为本的管理理论、以彰显先进生产力的设计理念，突出以防洪工程和水环境治理两大主题，为资源节约型、环境友好型社会建设再添精品，再铸辉煌。