县水务局主管全县水行政工作，担负着防汛抗旱、水利工程建设与管理、水行政执法、水资源与河道管理、城市供水等职能工作。机关由办公室、财务股、政工股、水利建设与管理股、水利法规股、规划计划股和项目办等7个行政股室和纪检监察室组成。局辖中小型公益性水利项目建设管理中心、防汛办、总工程师室、水利水电质量监督站、水政监察大队、东洞庭湖执法中队、水利水电勘测设计院、水利经济管理站、水土保持局、铁山渠道管理所、新墙水库管理所（新墙原水公司）、中洲垸修防会、中洲电排站、岳坊水库管理所、大坳水库管理所、云段水库管理所、设备防腐厂、巴陵水利水电建筑工程有限公司、洞庭供水有限公司、天泽监理公司等20个二级机构和20个乡镇水利管理站，其中防汛办、水土保持局、铁山渠道管理所、新墙水库管理所为副科级二级事业单位。